Bowyer werd er lange tijd van verdacht te hebben deelgenomen aan de mishandeling van een Aziatische student in januari 2000. Midden december werd de speler voor de rechtbank van Leeds vrijgesproken in de zaak, maar omdat hij bekende op de dag van de feiten dronken te zijn geweest, moest hij van zijn club een boete van 105.000 euro betalen. Bowyer weigerde en werd prompt op de transferlijst gezet. Leeds heeft zich nu blijkbaar bedacht.